يسعى متحف التاريخ الطبيعي الأردني إلى جمع وحفظ وتوثيق مكونات البيئة الطبيعية في الأردن، وتقديمها بأساليب علمية وتعليمية حديثة، بما يخدم البحث العلمي والتعليم، ويسهم في نشر الوعي البيئي لدى المجتمع، وتعزيز الشراكات العلمية محلياً ودولياً، بهدف حماية الموارد الطبيعية واستدامتها للأجيال القادمة.

