- جمع وتوثيق العينات الطبيعية وذلك من خلال جمع العينات النباتية والحيوانية والجيولوجية من مختلف البيئات الأردنية، وتصنيفها وحفظها وفق أسس علمية دقيقة.
- دعم البحث العلمي وتوفير بيئة علمية مناسبة للباحثين والطلبة لإجراء الدراسات والأبحاث في مجالات التنوع الحيوي.
- تعزيز التعليم والتعلم من خلال توفير نماذج تعليمية، وتنظيم معارض دائمة ومؤقتة، وتقديم برامج تدريبية وورش عمل من خلال إتاحة زيارة المتحف لعامة الناس لتعزيز ارتباطهم بالبيئة.
- نشر الوعي البيئي وتعزيز الثقافة البيئية لدى أفراد المجتمع، وتشجيعهم على حماية الطبيعة والحفاظ على مواردها.
- تعزيز التعاون العلمي من خلال بناء شراكات مع المؤسسات الأكاديمية والبحثية محلياً ودولياً، وتبادل الخبرات والعينات العلمية.
- المساهمة في تنمية السياحة البيئية من خلال عرض الموروث الطبيعي الأردني بأسلوب جذاب وتفاعلي.

